鬼太郎の出生の秘密を突き止めようと、哭倉（なぐら）村にやってきた廃刊寸前の雑誌記者山田・声松風雅也は廃村となりはてた村の残骸に驚く。時は遡り、昭和３１年、龍賀一族の当主時貞・声白鳥哲が亡くなり、龍賀製薬の取引先である帝国血液銀行の担当者水木・声木内秀信は哭倉（なぐら）村にやってきた。そこで時貞の遺言状が読み上げられ、次の当主は時麿・声飛田展男でその次はまだ幼い分家の長田時弥・声小林由美子だと告げられる。次の日、時麿が惨殺されある男が捕まえられた。牢に入れられた男は名前を聞いても言わず、「ゲゲ郎」と呼ばれることになるのだが…