1839年、スペイン人に買われアミスタッド号に乗せられた53人のアフリカ人奴隷たちは、リ−ダーのシンケに率いられ自由を求め反乱を起こす。しかしそれも失敗に終わり、奴隷たちは米国の沿岸警備隊に捕らえられ投獄・裁判にかけられる。開放を主張するボールドウィン弁護士（マシュー・マコノヒー）達の努力で裁判は彼らの無罪に傾いていくが、米国の奴隷制度に迄影響を及ぼす事から現職大統領が妨害をする。やがて元大統領ジョン・クインシー・アダムス（アンソニー・ホプキンス）も政府批判のスタンスで裁判へ参加するが・・・。これは実話に元づく言葉も通じない黒人と白人との人種を越えた友情（アミスタッド）の物語。