富士山麓からゴジラが出現するが、仲間であるはずのアンギラスを倒して進撃を開始。破壊活動を続けるゴジラの前にもう一匹のゴジラが現れた。最初に出現した方は偽者で、その正体はブラックホール第３惑星人が開発した侵略兵器「メカゴジラ」であった！圧倒的破壊力を誇るメカゴジラに、ゴジラは勝つことが出来るのか？人類の危機を救う鍵は、沖縄に伝わる予言にあるのだが……。ゴジラ生誕２０周年として好敵手・メカゴジラが登場。