東京上空に突如出現したＵＦＯ……、搭乗していたのは２３世紀から来た３人の未来人だった。「ゴジラによって壊滅した未来の日本を救うために、ゴジラを歴史から抹消する」と彼らは言う。水爆実験によってゴジラが誕生したそれ以前にタイムワープし、ゴジラの元となった新種の恐竜・ゴジラザウルスを辺地へと転送させる。これによってゴジラは消滅したが、それと同時に巨大怪獣キングギドラが突如として出現し日本を蹂躙し始めた！だがゴジラは、本当に歴史から抹消されたわけではなかった。