巨大隕石の落下により長年海底で眠っていたゴジラは再び活動を開始。一方南海の孤島インファントでは巨大な卵が発見され、調査の結果かつて地球に存在していた古代文明の守護神・モスラのものだと判明する。だがそれだけでは終わらず、その古代文明を滅ぼした怪獣バトラも呼応するかのように復活を遂げた。卵は日本へと輸送されるがその途上でモスラは孵化、やがて海上より出現したゴジラ、名古屋を蹂躙したバトラと戦いを繰り広げる。３大怪獣の決戦の行方は如何に？女性層にも人気のある怪獣モスラを復活させ異例のヒットとなった。