全ての使徒を倒した。だが、自我崩壊を起こし、寝たきりになったアスカと自らの殻に閉じこもるシンジ。エヴァ不稼働を狙うかのように国連はネルフ接収にかかった。次々に殺されていくネルフの職員達。復活し、再びエヴァを駆るアスカも同じエヴァ同士の激しい戦いの末、力尽きる。それを見せつけられ、絶叫するシンジを中心として、人類補完計画が、発動する。