あれから２００年、エイリアンを武器利用しようとするペレス将軍達は、オーリガ号の中でリプリー（シガーニー・ウィーバ）をクローン人間として甦えらせる。彼女はエイリアンの血とパワーを受け継いでいた。ところが船内で繁殖実験をしていた２０匹以上のエイリアンが檻を破って乗員に襲いかかる。密輸グループとリプリーは協力してエイリアンと闘う。オーリガ号は地球を目指していた。