コンピュータープログラマーでもあるが裏ではハッカーとして活躍していた青年・ネオ（キアヌ・リーブス）は、謎の男モーフィアス（ローレンス・フィッシュバーン）と美女トリニティ（キャリー・アン・モス）の導きで、この世の「真実」を知る。彼らは全人類を「真実」に導くための戦いを繰り広げている最中で、そんな中でネオは「救世主」として選ばれたのだ。果たして彼は「救世主」となるのか、そして戦いの行方は……。全世界に熱狂的ファンを産んだサイバーＳＦアクション映画。