沖縄にあるという伝説の王国ニライ・カナイが現世に蘇った。そしてその聖霊・ゴーゴが子供達の前に現われ、海を侵す怪獣ダガーラの出現を予言する。かくしてダガーラは僕であるベーレムを操り、あっという間に一面を死の海と化してしまった。その窮状を知ったモスラはダガーラに挑むが、海からの攻撃に不利に立たせられる。だがその時子供達によってニライ・カナイの秘宝の力が解放され、モスラは新たな力を得たのであった。海を舞台にした平成モスラシリーズ第２作目。