カメラマンの旗中（高島忠夫）は、謎の人物に誘拐されそうになった楠見（上原謙）と真琴（藤山陽子）を助ける。謎の人物の正体は「ムウ帝国人」で、その昔海底に没したとされるムウ帝国は地底で文明を構え、優れた科学力を持ってして地上文明に宣戦布告、同時に「海底軍艦・轟天」の解体を迫った。轟天はかつて日本海軍が戦局打開の為、神宮寺大佐（田崎潤）の指揮下で秘密裏に建造した超兵器なのだ。元海軍少将で彼を知る楠見は旗中や真琴等と共に彼の元へ向かうが、大日本帝国の勝利を信じる神宮寺には彼の声も届かない。やがてムウ帝国は総攻撃を開始した。世界は、そして海底軍艦の運命は？