前作で壮大な旅を体験した少年バスチアン（ジョナサン･フランティス）だったが、今又、母を失った悲しみに満ち溢れ心を閉ざしてしまっていた。人間の夢で作られた世界、「ファンタジア」。この世界は今絶滅の危機にさらされている。悪の女王率いる「空っぽな世界」が侵略を始めたからだ。バスチアンは懐かしいネーバーエンディングストーリーの本を見つけた。その時、本の中から「幼ごころの君」と言う悲痛なる叫びが･･･。バスチアンが今心の底から願い求めているのは「勇気」である。本を開いたバスチアンはファンタジア王女の声に導かれ再び冒険へ旅立った。