死せるものが安らぎを求める霊界に今、大きな異変が起こりつつあった。大雨が五ヵ月以上も降り続けた霊界は水没寸前。閻魔大王の息子コエンマは、水先案内人のぼたんに人間界にいる浦飯幽助に助けを求めるように指令を出した。傷つきながら人間界に辿り着いたぼたんの様子を見て、幽助は異変を悟った。そんな中、妖怪に襲われていたひなげしという少女を助けた幽助と桑原は霊界の異変に冥界の耶雲一味が絡んでいることを知るのだった……。幽助、桑原、蔵馬、飛影、幻海を加えた五人は霊界を救うことができるのか？冨樫義博原作の同名アニメを初の長編映画化。