グアム島沖で米国の原子力潜水艦が消息を絶った。そして、その探索に向かった防衛軍の作業艇は海底で巨大な背びれをもつ生物を発見する。時を同じくして日本各地では次々と奇妙な現象が起こっていた。そんな中、超常現象をあつかうTV番組「デジタルQ」のスタッフである立花由里（新山千春）は超常現象が発生した新潟県妙高山、鹿児島県池田湖、富士樹海と民間伝説「護国聖獣伝記」に出てくる<護国聖獣>が眠るとされている場所との奇妙な一致に気付く。伝説の謎を調べているうちに、出会った謎の老人・伊佐山(天本英世)は「ゴジラは武器では殺せん。“ヤマトの守護神”たちを覚醒させるのだ！」と語る。そして ついに破壊神ゴジラが日本へ上陸する。果たして、“ヤマトの守護神”キングギドラ・モスラ・バラゴンそして人類はゴジラを撃退できるのか？