キャンプに行ったコナンたち一行。その夜、灰原はどこかにTELしているのを目撃される。その帰り道、新築のツインタワービルに立ち寄るが、偶然毛利さんたちと出会い中へ入ることができる。タワーにいたのは、女社長、秘書、市会議員、プログラマー、画家、建築家。そこでコナンは組織の車を目撃、組織が動き出した！灰原は敵か？そして市会議員が殺される・・・。劇場版第５弾。