ゴジラ撃滅の命を受けて、特殊兵器「機龍」が右腕と「アブソリュート・ゼロ」砲を失いつつこれを退けた闘いより一年。整備士の中條義人（金子昇）、その叔父中條信一博士（小泉博）たちが滞在する別荘にインファント島の小美人（長澤まさみ、大塚ちひろ）が現われ、機龍の廃棄を懇願する。博士は五十嵐総理（中尾彬）へ進言を試みるが、機龍に愛着をもつ義人の気持ちは複雑だった。折りしも海岸には巨大亀カメーバの死体が打ち上げられ、米海軍潜水艦が消息を絶つなど異変が相次ぐ。そしてかつての傷跡もあらわに日本上陸するゴジラ。機龍、そして小美人に導かれたモスラはいかに戦うか？〔東宝/91分/カラー/シネスコ〕