今や国際平和維持組織（ＳＨＩＥＬＤ）の一員として世界を脅威から守り続けるキャプテン・アメリカことスティーヴ・ロジャーズ（クリス・エヴァンス）であったが、現在進行中のヘリキャリアでの人類監視システムには疑問を覚えざるを得なかった。折しもＳＨＩＥＬＤ長官ニック・フューリー（サミュエル・Ｌ・ジャクソン）が何者かに襲撃され命を落とす。それを契機にＳＨＩＬＤ自体がスティーヴに牙を向け始めた。唯一信頼できるブラック・ウィドウ（スカーレット・ヨハンソン）と連絡を取りつつ反撃の機会をうかがうスティーヴであったが…。シリーズ ２作目であると同時に『アベンジャーズ』の正続編とでもいう位置づけ作。