ゾッド将軍（マイケル・シャノン）とスーパーマン＝クラーク・ケント（ヘンリー・カヴィル）の戦いによって都市は壊滅的に破壊され多くの死傷者を出した。バットマン＝ブルース・ウェイン（ベン・アフレック）も友人の多くを失う。のど元過ぎればで脅威が去ると人々にはスーパーマンへの批判が芽生え始めた。相変わらず危機に飛び回り解決していたクラーク・ケントも流石に正義の執行について悩み始める。そんな中、国際的コングロマリットの総帥、レックス・ルーサー（ジェシー・アイゼンバーグ）は正義の執行者を抹殺すべく計略を練っていた…。『マン・オブ・スティール』の続篇として位置づけられる企画もの。