クリプトン星の滅亡を確信した科学者ジョー（ラッセル・クロウ） は、生まれたばかりの息子を地球へと送り出した。クラークと名づけられケント夫婦（ケビン・コスナー/ダイアン・レイン）に育てられた少年は、自分が持っている人とは違う特殊な能力に戸惑い悩み、成人したクラーク（ヘンリー・カヴィル）は流浪の旅を続けていた。そんななか、彼の驚異的な能力を知った女性記者ロイス（エイミー・アダムス）はクラークの生い立ちを調べ始める。一方、地球を滅ぼしたあとにクリプトンの再建を企むゾッド将軍（マイケル・シャノン）がクラークの前に現れ、ついに彼は自らの力を解き放つときが来たことを悟るのだった。（143分）