巨匠手塚治虫原作（少年チャンピオン連載）の人気コミックを映画化。TVアニメから始まりOAVやドラマ等あらゆるメディアでファンを魅了する。医師免許のない無免許医でありながら超天才外科医という異名を持つブラックジャックの今回の依頼は超人類と呼ばれた人達の謎の死。オリンピックで話題を呼び世界中で騒がれる超人類ブーム。オリンピックから数年後。正体不明の難病で苦しみ死亡する患者が続出。原因究明の依頼を受けたブラックジャック（大塚明夫）は衝撃の事実を知り驚愕する・・・。