ミュータントと人間との共存を提唱するプロフェッサーＸ率いる“Ｘ−ＭＥＮ”は、かつてのプロフェッサーＸの同志で、人類全てをミュータントに変えてやろうとする急進派のマグニートーとの戦いに勝利し、マグニートーを牢獄に幽閉することに成功した。しかし、人類のミュータントに対する偏見や嫌悪はやがてＸ−ＭＥＮたちにも向けられていった。人間でありながらミュータントを従える司令官ストライカーは、大統領が謎のミュータントに襲われた事を機に、ミュータント達を次々と捕獲していく。自らの過去を探す旅を続ける“ウルヴァリン”ローガンは、他のミュータント達を守るために、何人かの同志と共に否応なしに戦いに巻き込まれていく。その中には、ストライカーの命令で大統領を襲ったナイト・クロウラーや、刑務所を脱出したマグニートーの姿もあった…