闇の帝王ヴォルデモードとの戦いが近づき、校長ダンブルトアは、かつてホグワーツで教鞭をとっていたスラグホーンを招き入れる。トム・リドルこと、ヴォルテモードは、彼のかつての教え子であり、深い関わりを持っていたからだ。校長はハリー・ポッターに、スラグホーンに近づいてトム・リドルとの関わりを探るように指示する。彼の魔法薬の授業に参加したハリーは、そこで偶然に古い教科書を手にする。かつての持ち主「半純潔のプリンス」と名乗る男は、相当の頭脳の持ち主だったようで、おかげでよい成績を残したハリーは教授に気に入られる。そのころ、ハリーたちを眼の敵にするドラコが謎の行動をするようになる･･･。