紀元前3600年、エジプト。「最古のミュータント」と言われる「アポカリプス」が4人の騎士を従え、世界に君臨していた。新しい肉体へと魂を移す儀式の最中に、反乱にあい、地中深く封印される･･･。1983年、プロフェッサーＸのチャールズ（ジェームズ・マカヴォイ）は「恵まれし子らの学園」でミュータントと人間の共存を試していた。マグニートのエリック（ミヒャエル・ファスベンダー）は、正体を隠して、愛する妻子とひっそりと暮していたが、突然悲劇が襲い、絶望する。その頃、エジプトで偶然にアポカリプスが復活する。堕落した人間どもに怒り、滅ぼすために、側近の「黙示録の四騎士」を選ぶ。その一人はマグニートだった･･･