フロリダに暮らすジェイク（エイサ・バターフィールド）は孤独な高校生。学校でも、両親にも、心を閉ざしていた。唯一、祖父エイブ（ テレンス・スタンプ ）だけが、彼の理解者。祖父の語る冒険の話を聞くのが大好きだった。ある日、祖父のもとを訪ねたが、彼は謎の死を遂げる。祖父のメッセージに導かれるように、ジェイクは英国の小さな孤島へ向かう。そこで導かれるように、古めかしい館にたどり着く。そこは館の主ミス・ペレグリン（エヴァ・グリーン）が、色んな奇妙な能力を持った子供たちと共に、ひっそりと暮らしていた。しかしその館に魔の手が迫っているのだった･･･