大陸の沖合200キロに浮かぶ海洋研究施設。海洋学者のスーインらが乗る探査船が未知の海溝を発見し探査するが、そこで「何か」に襲われ、スーインは脱出できたが、スタッフが乗った探査船は行方不明に。そこで救出するために雇われたのは、超ベテランの潜水レスキューダイバーのジョナス（ジェイソン・ステイサム）。ところが彼らの前に突如現れた巨大な「何か」、それははるか古代に絶滅したと思われた巨大ザメ・メガロドン（ＭＥＧ）だった。深海より襲来した怪物は人々を恐怖のどん底に落とすのだった･･･。