1955年。10歳の少年ルイスは、両親を不慮の事故で亡くし、一人ぼっちに。そこで会ったことのない伯父のジョナサン（ジャック・ブラック）に引き取られることに。やってきたのは、至る所にたくさんの時計が置かれた不思議な屋敷。隣人のツィマーマン夫人（ケイト・ブランシェット）も親切だが、何やら二人は怪しい行動をする。ルイスはまだ知らなかった。二人は実は「魔法使い」で、屋敷の中でなにか探しているらしいことを。そしてその秘密が世界の危機を招く恐ろしいものだったことを･･･。