首相直属「公安９課」攻殻機動隊の草薙素子少佐は、チタン殻に包まれた脳神経系以外の肉体を義体に置き換えた特殊活動のスペシャリスト。電脳ハッキングにより記憶や体験が作り替えられてしまう世界で任務をこなしながら、彼女は自分の存在について疑問を抱くようになる。何が自分を自分たらしめているのか？そんな中、史上最強のハッカー「人形使い」の義体が９課の管理下に入り、自らを「情報の海で生まれた生命体」と主張する。機密保持のため人形使いを強引に奪い去る外務省公安６課と、それを追跡する素子のバトル。死闘の果てに、素子が電脳接続した人形使いから受けた申し出とは？ビルボード誌１位を獲得し、『マトリックス』への影響も指摘されるジャパニメーションの代表作。