近未来。度重なる戦争と核実験は地球環境に異変を生み、太古よりの眠りについていた怪獣たちの覚醒を促した。ここに「地球防衛軍」は組織され、特殊能力を有するミュータント部隊がその先頭に立つこととなった。その一人・尾崎（松岡昌宏）は、若き女性生物学者・音無（菊川怜）の護衛につき、北海道沖より発見されたサイボーグ怪獣のミイラの調査に向かう。時を同じくして世界各地に怪獣が出現、防衛軍の空中戦艦は苦戦する。だが、それらを一瞬にして消し去った存在があった。国連事務総長・醍醐（宝田明）は彼らを友好的な異星人・Ｘ星人と呼ぶ。この時ゴジラは、南極の氷の下に葬り去られていた…。〔東宝/125分/カラー/スコープ〕