人型兵器「イェーガー」による各国の軍団が、異世界の尖兵として世界を蹂躙した「カイジュウ」を攻め滅ぼした戦争より十年。異世界の裂け目は閉じられ、世界は平穏を取り戻した。そんな中、旧戦争の英雄を父に持つ青年ジェイク（ジョン・ボイエガ）は軍に背を向け、傷ついたままに放置されたイェーガーの部品を採取、転売する仕事に身を落としていた。彼は、部品を組み立ててオリジナルのイェーガーを創る天才少女、アマーラ（ケイリー・スピーニー）との騒動に身を投じたことで、その人生を塗り替えられる。ジェイクの義姉マコ（菊地凛子）の導きで、ふたりは軍のパイロットとして迎えられ、不気味な胎動を始める敵に敢然と立ち向かうことになるのだった。〔111分〕