かつてのガミラスの暴君、デスラー総統(山寺宏一)は、今は民主化した母星の最期が近いことを知り、自ら外宇宙国家と刃を交えてでも植民星を得んとして行動していた。その一方、一時は次元断層で艦船を乱造することで繁栄を得ていた地球政府は、それを手放さざるを得なくなり、勢いを失っていた。そして古代（小野大輔）が艦長を務めるヤマトも二度の戦いで人員を失い、新人クルーを迎えることとなる。かれらの内には訓練生として高い成績をおさめた土門（畠中祐）がいたが、父たる軍事企業社長が命を絶った原因として激しく古代を憎んでいた。新生ヤマトは、波乱をはらみつつガミラスへの航海に出る。新たな火種となる謎の艦隊の侵攻を知らずに…。〔100分〕