謎の異星軍団デザリアムは、ガミラス星の破壊のエネルギーを転用してイスカンダル星を母星宙域に移動させようとしていた。イスカンダルにはスターシャ（井上喜久子）ら王族とガミラス移民団がおり、かれらを救わずしてみずみず敵に手渡すわけにはいかない。ヤマト艦長の古代（小野大輔）とガ軍艦隊を率いるデスラー総統（山寺宏一）は手を組み、デザリアム艦隊の排撃を目論む。ダメージを受けたデザリアム艦隊は移動要塞を前面に出すとともに、猶予期間をおいて王族・難民の救出を呑み、その後イスカンダルを奪うとの懐柔策を出す。その間にスターシャは古代とデスラーを呼び、語らねばならないある秘密を伝える。〔102分〕