富裕層が支援する政府軍と貧困層で組織された反政府勢力軍との間で紛争が続く東スラブ共和国。「戦場でモンスターを見た」という情報を受けたアメリカ政府は、大統領直属エージェント・レオンを現地に派遣する。Ｂ．Ｏ．Ｗ（有機生命体兵器）根絶に闘志を燃やすレオンは退去命令が下っても帰国を拒否。政府のサポートなしで潜入捜査を進めるが反政府勢力軍に拉致され、そのメンバー・アレクサンドルらと行動を共にすることとなる。