カクレクマノミのマーリンは、妻のコーラルとコーラルが生んだ卵をサメに襲われてしまう。たった一つの卵だけがマーリンに残され、彼は生まれてきた子供をニモと名づけ、大切に育てることを決心する。しかし、ニモが無鉄砲にボートに近づいたため、ダイバーにさらわれてしまう。手がかりを知るドリーと共にマーリンはニモを探して、海を泳ぎ回るが・・・