かつてモスラによって封じ込められた怪獣・デスギドラが自然破壊の影響で復活を遂げる。モスラの巫女であるエリアス姉妹は再度ギドラを封印しようとするが、モスラは年老いており後を継ぐ子供はまだ誕生していなかった。だが地球の平和を守る為にモスラはその命を賭けて立ち上がり、それに呼応するかのように誕生した幼虫モスラもまたデスギドラに立ち向かっていく。モスラ親子は悪魔のギドラを倒せるか？平成ゴジラシリーズ終了の後、特に人気の高い怪獣モスラを復活させてスタートした新シリーズの一作目。