舞台は近未来。マイケル・ジェニングスは（ベン・アフレック）は、ハイテク企業の極秘プロジェクトに参加するフリーのエンジニア。仕事が終わると、高額の報酬（ペイチェック）とひきかえに、機密保持のためプロジェクトに関わった期間の記憶を全て消されてしまう、それが彼のビジネスだ。そして、彼に大企業オールコム社から巨大プロジェクトの依頼が舞い込む。新システムを完成させる3年間と、その記憶への報酬は1億ドル。しかし3年後、記憶を消された彼が受け取ったものは、自分がサインした報酬を辞退する契約書と、封筒の中に入ったガラクタだった。三年間にいったい何があったのか？　マイケルは不安と疑心暗鬼にさいなまれてしまう。