西暦2011年。人類は新種のウイルスの流行により９９％が死滅。残された500万人ほどの人々が、閉鎖された都市「ブレーニャ」の中で暮らしていた･･･。400年後の2415年。都市はグッドチャイルド家が支配する政府に管理されていた。人々は安全に暮らしていたように思えたが、突然に人々が行方不明になることが相次いでいた･･･。そんな政府の支配に抵抗するべく、反政府組織「モニカン」が誕生し、最強の女戦士イーオン・フラックス（シャーリーズ・セロン）たちが戦っていた。ある日、彼女に君主のトレバーの暗殺命令が下るが･･･。