かつてギャオスたちによって餌食とされかけたガメラは、最後の力を振り絞って自爆、彼らを葬り去った。孝介少年はその一部始終を見ていた…。そして数十年後。妻とともに食堂を切り盛りした孝介（津田寛治）は、一子・透（富岡涼）を小学生まで育て上げる。突然の母の事故死から立ち直った透は、港に程近い小島で赤く光る石の台座に置かれた卵を見つけた。思わず持ち上げた卵の中から、小さな亀がその姿を現わす。亀を「トト」と名づけ、秘密裏に飼い続けた透だったが、火を吐き空を飛ぶその姿はただの亀のものではなかった。それが人間の飼育できる大きさを超えたとき、呼び寄せられるように怪獣ジーダスが出現した。〔96分/カラー/スコープサイズ〕