森の奥にひっそりと佇むスパイダーウィック家の屋敷。両親が離婚し、母親・ヘレンと共にＮＹから新たな生活を始めるため、この屋敷へと引っ越して来た双子の少年ジャレッドとサイモン、そしてマロリーの３人姉弟。ある日、人一倍好奇心旺盛なジャレッドは屋根裏の隠し部屋からある『謎の書』を発見する。その書には、かつてそれを記したアーサー・スパイダーウィックの「決して読んではならない」という警告のメモが。。。好奇心を押さえきれず、その書を開いてしまったジャレッド。その瞬間から、普段は人間に見えない妖精たちが姿を現し始めた。彼らの前に現れたのは、友好的な妖精だけではなかった。静かに潜んでいた様々な邪悪な妖精たちも目覚め、次々に襲いかかる。