少年期に両親が謎の失踪をとげたピーター（アンドリュー・ガーフィールド）はベン（マーティン・シーン）とメイ（サリー・フィールド）の伯父夫婦に育てられ１０年が経過、今や冴えないハイスクールボーイであったが、倉庫部屋で父の古鞄を見つけ父の同僚コナーズ博士（リス・エヴァンス）の名を知る。彼の勤務先オズコープ社を訪れ優秀学生の研修に闖入、そこでバイトする愛しいクラスメイトのグウェン（エマ・ストーン）に会ったりするが、忍び込んだ研究室で特殊蜘蛛に咬まれてしまった。以来、超能力を手にしたピーターだが、スケボーのアクロバット走にしか使い道を見出せないのだが…。ファン待望のリブート作。