紀元後のユダヤ王国。マグダラの娘マリア（ルーニー・マーラ）は、父ダニエル（ドゥニ・メノーシェ）によって結婚を強要されていたが、それを拒み悪霊憑きとして「癒し手」の手に委ねられた。癒し手イエス（ホアキン・フェニックス）の優しい語り口と言葉に惹かれたマリアは、父のもとを離れてイエスの洗礼を受け、その教団の一員として付き従う決意をする。こうして初の女性従者となったマリアにペトロ（キウェテル・イジョフォー）ら弟子は難色を示すものの、イエスの教えの現実的な理解者であると次第に理解を深めてゆく。だがその一方では、「神の国」のための革命を熱望するユダ（タハール・ラヒム）らと彼女らの間に亀裂が生じてゆくのだった。〔120分〕