かつて脱獄不可能といわれた元監獄の島、アルカトラズ島が突如テロリストに占拠された。観光客を人質にした彼らは、サンフランシスコに向けて毒ガスロケットをセットした。実戦経験のない化学兵器スペシャリスト（ニコラス・ケイジ）と、島の内部に詳しい元英国特殊部隊員（ショーン・コネリー）が島への侵入作戦に抜擢された…。