国連の潜水艦・シーホーク号が北極での異変調査中に行方不明となるが、それは復活したゴジラの仕業であった。同じ頃南海の孤島・ファロに伝わる「巨大なる魔神」の話を聞き付けたパシフィック宣伝部長・多胡（有島一郎）は、自社提供番組のてこ入れとして大取材班（といっても桜井高島忠夫・古江藤木悠の２名）を派遣。そこで彼等は伝説の怪物・キングコングと遭遇する。コングは桜井の発案で日本へと運ばれるがその途中で脱走、帰巣本能から日本へと南下していたゴジラ目掛けて北上を開始する。かくして、二大怪獣の世紀の決戦が火蓋を切った！