ゴジラとリトルゴジラが生息していた島が謎の消失を遂げてからしばらく後、香港に身体中を赤く輝かせたゴジラが上陸する。ゴジラの内部では過剰な核分裂が進み始め、メルトダウン寸前という段階にまで達していたのだ。臨界点に達したが最後、ゴジラは、そして日本は……。同じ頃東京湾地下では怪生物が出現するが、その正体は古代生物がかつてゴジラを倒した超兵器・オキジジェンデストロイヤーによって変貌を遂げた怪獣デストロイアであった！そして二大怪獣の激突が始まる。日本は、そしてゴジラはどうなるのか？この映画で平成ゴジラシリーズは一旦完結を迎えることとなった。