日本近海で人型巨大生物による海難事故が頻発、さらにその生物は羽田空港を襲撃しパニックとなる。「フランケンシュタインの仕業」という声が高まる中、かつてその研究をしていたスチュワート（ラス・タンブリン）とアケミ（水野久美）はフランケンシュタインの温和な性格を信じていたが、被害は拡大する一方だった。やがて再度上陸した生物に対し、自衛隊はメーサー殺獣光線車を主とする「Ｌ作戦」を展開して個体の抹殺を企む。だがあと一歩というところまで追い詰めた時、もう一体の巨大生物が山から現われた……。