人類を脅かす使徒は全て消えた･･･。そして謎であった人類保管計画がついに始まる。しかし、人間の敵は同じ人間である事を気付くのには遅すぎた。エヴァンゲリオンパイロットの抹殺指令が降される中シンジは苦悩していた。一方アスカは昏睡状態の狭間を彷徨う中、奇跡に見舞われる。そしてレイは･･･。密かに開発されていたエヴァシリーズは儀式を始める為第３新東京へと投下される。そして、人々の魂は保管され事態は残る最後の人間、碇シンジの手に委ねられる事になる。