１９５４年のゴジラ出現以降生態系は崩れ、日本は巨大生物の脅威に晒された。政府は第４の自衛隊＝特生自衛隊を編成しその撃退に力を注ぐが、１９９９年に再度ゴジラが上陸、多大な被害をもたらす。時の総理・柘植（水野久美）は科学技術庁長官・五十嵐（中尾彬）と共に対巨大生物用生体ロボット・機龍の建造を決定、生物学の権威・湯原（宅間伸）らを結集させ開発が始まった。３年半の年月をかけ機龍はついに完成、「機龍隊」が結成されるが、その中にはかつてのゴジラ上陸時、同僚を殉職させたという自責の念から第一線を退いていた家城３尉（釈由美子）の姿があった。そして機龍完成披露の日、ゴジラが上陸した……。