徳川幕府の重臣、柳生家に伝わる3巻の武芸帳が盗まれた。この巻物には天下を揺るがす内容が書かれており、第三者の手に全てが渡ると大変なことになってしまう。この武芸帳の1巻をたまたま入手した没落武家の娘（久我美子）が、これを利用してお家再興を図ろうとする一方、忍びの者（三船敏郎）たちもこの武芸帳をつけ狙っていた。そして武芸帳を取り戻そうとする柳生家の者たちもこれに加わり、三つ巴の争いが始まる。