幾多の試練を経た新一（染谷将太）はミギー（阿部サダヲ）との共棲・共闘関係を深化させつつ、パラサイト狩りに励むのであったが、そんな彼等の前に複合共棲パラサイト三木（ピエール瀧）が現れる。一方、懐妊した田宮良子（深津絵里）に寄生したパラサイトはフリーの事件屋・倉森（大森南朋）を使い新一・ミギーを監視するのであったが、彼女の人間との融和志向を良しとせぬ広川（北村一輝）等一派は策謀の手を伸ばす。が、しかし、そんな広川らに対しても特殊急襲部隊ＳＡＴが襲撃のタイミングを見計らっていた…。大ヒット漫画の２部構成による映画化の後編。