大西洋一帯で異常な事件が頻発。チェルノブイリに居た生物学者ニック（マシュー・ブロデリック）は呼ばれて米調査隊に合流する。難破した日本船の生存者が譫言のように繰り返す「ゴジラ」という言葉にフランスのエージェント、フィリップ（ジャン・レノ）も調査を開始。折しもニューヨークにゴジラが上陸し破壊の限りを尽くし姿を消した。ニックは巣作り説を主張するが軍部と市政幹部は信じようとしない。更に昔の恋人でレポーター志望のオードリー（マリア・ピティロ）にハメられてトップシークレットを盗まれ調査隊を解任される。ニックは仏調査隊に合流しマジソンスクエアガーデンを巣だとつきとめるが…。東宝版と似ても似つかないハリウッドバージョンが賛否を呼んだ。