前作『最後の聖戦』から19年後の1957年、米ソ冷戦の最中の米軍機密施設をスパルコ（ケイト・ブランシェット）率いるソ連秘密部隊が急襲し「ロズウェル事件」の”証拠物件”を強奪する。そして次に彼等が狙うのはアマゾンの伝説の都市から盗み出された<クリスタル・スカル>。その頃、母を誘拐されたという青年マット（シャイア・ラブーフ）がインディ（ハリソン・フォード）宛へ謎の手紙を届けにきた。ナスカの地上絵に導かれるように南米に向かうふたり、そして待ち受けるスパルコ。19年の歳月を経て再びインディの冒険が始まった。シリーズ第4弾。<123分>