未来の地球。謎の昆虫型生命体「フォーミック」に侵略され、壊滅的な被害を受ける。次の侵攻に備えるために、「次世代の戦士」を育てるために、選りすぐられた少年・少女たちが、宇宙空間に浮かぶ「バトルスクール」で訓練を受けていた。産児制限で２人までと決められている中で生まれた「３人目」の少年エンダー（エイサ・バターフィールド）は、そのために孤独な少年時代を過ごしていたが、その名のごとく「戦争を終わらせる者（エンダー）」として、訓練を受けるために、グラッフ大佐（ ハリソン・フォード）にスカウトされるが･･･。